Анатолий Дмитриевич родился в 1925 году в г. Уссурийске Приморского края в семье крестьянина.
В 1949 году окончил Казахский государственный медицинский институт.
С 1951 года прошел путь от ординатора до руководителя научного отдела неотложной травмы в Ленинградском НИИ травматологии и ортопедии им. Романа Романовича Вредена.
В 1954 году он защитил кандидатскую диссертацию «Интероцептивные рефлексы кости и костного мозга при механической травме», а в 1968 докторскую диссертацию «Повреждение связок коленного сустава: клиника, диагностика и лечение», в которой отразил богатый опыт лечения больных с повреждениями капсуло-связочного аппарата коленного сустава.
В 1970 году Анатолий Ли был приглашен профессором Гавриилом Абрамовичем Илизаровым в город Курган для организации Курганского научно-исследовательского института экспериментально-клинической ортопедии и травматологии. Анатолий Дмитриевич стал первым заместителем директора по научной работе и являлся ближайшим сподвижником Гавриила Абрамовича Илизарова в разработке нового научно-практического направления в травматологии и ортопедии - метода чрескостного компрессионно-дистракционного остеосинтеза.
На основе этого метода Анатолий Дмитриевич Ли на базе КНИИЭКОТа в 1979 году организовал и возглавил кафедру травматологии и ортопедии. Им были разработаны программы обучения, которые вобрали в себя разделы: переломы длинных трубчатых костей, последствия травм, деформации и удлинения костей. На организованной кафедре прошли обучение тысячи травматологов-ортопедов Советского Союза, а также специалисты из-за рубежа.
В 1991 году профессор Анатолий Дмитриевич Ли был приглашен в Томск на кафедру военно-полевой хирургии военно-медицинского факультета Томского медицинского института и проработал на ней более 10 лет.
Анатолий Дмитриевич - автор более 250 работ, в том числе 3-х монографий. Имеет 20 авторских свидетельств на изобретение, в том числе на модель аппарата чрескостного остеосинтеза.
